随着认罪认罚从宽制度在我国司法实践中适用率的持续攀升，其与共同犯罪案件中“同案同审”原则的程序性冲突日益凸显。当部分被告人认罪认罚而其他被告人拒不认罪时，司法机关面临着维持并案审理以查明全案事实，或选择分案审理以提升诉讼效率的两难困境。当前司法实践中，以认罪认罚为标准进行分案处理的现象屡见不鲜，虽在提升诉讼效率方面显现一定价值，但也引发了前案生效裁判效力不当扩张、不认罪被告人质证权虚化、全案事实查明受阻、量刑失衡等一系列程序与实体风险。这些乱象根源于立法规范供给不足、分案标准模糊、权力主导模式忽视权利保障以及配套程序机制缺失。以刑事诉讼法第四次修改为契机，重构部分被告人认罪认罚案件的分案审理程序已刻不容缓，应以“合并审理为原则、分案审理为例外”为基本立场，明确分案审理的严格适用条件与证明标准，构建以审判权为中心的司法审查启动程序，并设计“有限分案”与“效力阻断”为核心的审理程序。同时，必须完善对质询问权保障、厘清前后案裁判关系、强化量刑平衡监督等配套机制，推动形成兼顾诉讼效率与程序公正、符合中国司法语境的精细化分案审理规则体系，从而推动刑事司法治理体系的现代化。